Niğde Gümrük Müdürlüğü 25 Ocak 2013 tarih ve 28539 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan 11.01.2013 tarih ve 2013/4222 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile kurulmuş olup 14/01/2014 tarihi itibariyle gümrük işlemleri verilmeye başlanmıştır. Niğde Gümrük Müdürlüğü ile Niğde Organize Sanayi Bölgesi arasında imzalanan protokol gereğince, Niğde Organize sanayi Bölgesi 7. Cadde No: 12 Fertek / NİĞDE adresinde bulunan hizmet binası, bedelsiz olarak Niğde Gümrük Müdürlüğü kullanımına tahsis edilmiş bulunmaktadır.
Niğde Gümrük Müdürlüğü, A Sınıfı Gümrük Müdürlüğü statüsü ile ihtisas uygulamasına tabi eşya dışındaki her türlü eşyanın serbest dolaşıma giriş, ihracat, transit işlemleri, ile kişisel kullanıma mahsus kara taşıtlarının gümrük işlemlerini yapmaya yetkilidir.