Aksaray Gümrük Müdürlüğü, A sınıfı Gümrük Müdürlüğü statüsüyle ihtisas gümrüğü uygulaması dışındaki her türlü eşyanın serbest dolaşıma giriş, ihracat, transit işlemleri, bitki/bitkisel ve hayvansal ürünlerin ithalatı ve ihracatı ile yurt dışından posta yoluyla gelen eşyaların gümrük işlemleri, kişisel kullanıma mahsus kara taşıtlarının devir, terk, geçici terk ve ek süre işlemleri yapılmaktadır.
 
Aksaray Gümrük Müdürlüğü, TS EN ISO 9001:2000 (Gümrük Hizmetleri Sunumu) Kalite Yönetim Sistemi Belgesine sahiptir.